熱帯医学に関する短期研修コースである「熱帯医学研修課程」を運営している。このコースは、熱帯医学の研究または熱帯地での保健医療活動に実際に従事している者、もしくは従事しようとする者に対し、熱帯地における医学的諸問題についての現代科学に基づく基礎的知識の習得およびその応用に必要な技術の研修を行う。
本課程は、全国からの参加者を対象に所内の教員、および多数の所外講師・所外運営委員の協力を得て運営されている。期間は4月から6月までの3か月（13週）で、カリキュラムは、ウイルス学、細菌学、原虫学、寄生虫学、病害動物学、免疫遺伝学、疫学、人類生態学、社会医学、臨床医学の広範にわたり、1）講義、2）実習、3）野外実地研修によって構成される。さらに特別講義では、熱帯地の風土・文化・医療活動の実態等がとりあげられる。
この研修の全課程を修了した研修生には、修了証書および英文のディプロマが授与される。1978年度（第1回）に定員10名として開設されたが、2000年度からは定員が5名増加し15名となった。2023年６月時点で、合計636名の修了生を輩出してきた。加えて、2022年度から開講されたオンラインコースにより，就業を続けながら熱帯医学を学ぶことが可能となり，これまで2年間で34名が受講し、修了者には履修証明書が発行された。