病原体解析部門

• ウイルス学分野
• 新興感染症学分野
• 細菌学分野
• 原虫学分野
• 寄生虫学分野

宿主病態解析部門

• 免疫遺伝学分野
• 感染生化学分野

環境医学部門

• 生態疫学分野
• 国際保健学分野
• 国際健康開発政策学分野
• 病害動物学分野
• 感染症疫学・動態学分野

臨床研究部門

• 臨床感染症学分野
• 呼吸器ワクチン疫学分野
• 小児感染症学分野
• 臨床開発学分野
• 熱帯性ウイルス医薬品開発分野
• 感染ゲノム学分野

SHIONOGIグローバル感染症連携部門

• アライアンスコーディネーター（熱研産学連携室）
• 分子感染ダイナミックス解析分野
• 免疫病態制御学分野
• 創薬探索研究分野