電子顕微鏡を用いての主な研究としてウイルス、原虫、細菌など、あらゆる病原体自体の微細構造の解析のみならず、免疫組織化学的手法を含む新しい手法を用いて、病原体と宿主との相互関係について超高倍率の直接観察による解析を行っている。共同利用機器として、透過電子顕微鏡（JEOL）、ウルトラミクロトーム（LEI CA）、真空蒸着機器（サンユー電子）、親水化処理装置（JEOL）などが利用可能である。当ユニットは坂口が担当している（2024年4月1日現在）