共同研究室は、研究所の大型研究機器等の効率的管理と運用を担当、研究一般を支援している。研究所内の各分野への支援に加えて、文部科学大臣から認定された共同利用・共同研究拠点「熱帯医学研究拠点」の国内設備として所外からの利用にも対応している。
<分子細胞生物学ユニット>
共同研究室には、8連および16連キャピラリーシーケンサー、次世代シーケンサー、リアルタイムPCRシステム、フローサイトメーター、Multiplex分析システム、マルチモードプレートリーダー、ケミルミイメージングシステムなどが設置されている。また、研究一般を支援する設備として、超純水作製装置、超遠心機、凍結乾燥機、遠心濃縮システム、フレンチプレス、液体窒素試料保管庫、高圧蒸気滅菌器、低温室、暗室などが整備されている。分子細胞生物学ユニットは、これらの機器の管理・利用補助を担当している(担当:見市・浦、2022年4月1日現在)。
<光学顕微鏡ユニット>
光学的手法を用いて分子局在や形態の変化を静的・動的に解析することにより、 病原体の細胞への感染成立機構等を明らかにし、治療・予防法の開発に資する研究を支援する。2015年4月に開設された長崎大学ニコン感染症イメージング・コアラボラトリーの管理・利用補助を主に担当する。共同利用機器として、共焦点レーザー/蛍光顕微鏡(Nikon)、イメージングフローサイトメーター(Luminex)、共焦点レーザー/超解像度顕微鏡(ZEISS)、バーチャルスライドスキャナ(NanoZoomer 2.0-RS、浜松ホトニクス)が利用可能である。当ユニットは坂口が担当している。
<電子顕微鏡ユニット>
電子顕微鏡を用いての主な研究としてウイルス、原虫、細菌など、あらゆる病原体自体の微細構造の解析のみならず、免疫組織化学的手法を含む新しい手法を用いて、病原体と宿主との相互関係について超高倍率の直接観察による解析を行っている。共同利用機器として、透過電子顕微鏡および走査電子顕微鏡(共にJEOL)、超ミクロトーム(LEICA及びREICHERT)、真空蒸着機器、親水化処理装置、オスミウムプラズマコーターなどが利用可能である。当ユニットは坂口が担当している。