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　昭和１７年３月，東亜における風土病に関する学理およびその応用の研究を行うことを目的として，長崎医科大学に附設された東亜風土病研究所が本研究所の前身である。
　設立当時所員は医科大学の諸教室（病理学，細菌学，内科学，皮膚科学）を利用して研究活動に従事し，主として中国大陸における野外調査に重点を置いた。昭和２０年８月原子爆弾によって母体大学と共に研究資料等は一瞬のうちに灰燼に帰し，研究所発展の道は一時阻止され，研究活動も頓挫を来した。
　昭和２１年４月長崎医科大学附属風土病研究所と改称し，東亜の２字は削除され，５月には諫早市へ移転して研究活動を再開した。
　昭和２４年５月国立学校設置法の公布により，長崎大学風土病研究所となり，その後昭和３２年７月２５日の諫早大水害による研究所移転等の変遷を経て，昭和３５年度に長崎市坂本地区での新築が実現，翌年４月新庁舎へ移転した。
　昭和３９年度から既存の病理，臨床の両部門に加えて，順次，疫学，寄生虫学，ウイルス学の各部門が増設され，４１年度末にはこれに伴う増築も終わった。
　昭和４２年６月国立学校設置法の一部改正により長崎大学熱帯医学研究所となり，熱帯医学に関する学理およびその応用を研究することが目的となった。同時に熱帯医学研究所内科（熱研内科）として，２０病床の診療科が医学部附属病院に設置された。昭和４９年度には病原細菌学部門と附属研究施設としての熱帯医学資料室が開設され，昭和５３年度には防疫部門（客員部門）と熱帯医学研修課程が新設された。昭和５４年度には昭和５２年度に新築された感染動物隔離実験棟が熱帯性病原体感染動物実験施設へ昇格した。昭和５４年度には研究所本館の第２次増築も完了し，昭和５８年度には国際化社会の到来に伴い，国立大学における国際交流を促進するとともに，開発途上国の自立発展および文化的知的水準の向上に資するため，国際協力事業団（JICA）の集団研修コースである熱帯医学研究コースが開設された。昭和５９年度には原虫学部門が増設され，昭和６０年度には原虫学部門と資料室を収容するための研究所本館第３次増築も完了した。昭和６２年度には病害動物学部門が増設され，平成元年度には，共同利用研究所への改組が実現した。平成３年度には感染生化学部門が新設され計１０部門となり，平成５年度には研究実験棟が増築された。平成６年度には，これまでの小部門制による研究体制から３大部門制への改組が行われ，１２研究分野が設置された。平成７年度からは，世界の最先端の学術研究を推進する卓越した研究拠点（COE：センター・オブ・エクセレンス）の研究所に指定された。平成８年度には，病原体解析部門に分子疫学分野（外国人客員分野）が新設され，更に平成９年度には，熱帯医学資料室の廃止・転換に伴い，熱帯病資料情報センターが新設されて，研究所の整備・充実も着々と進んでいる。

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