長崎大学熱帯医学研究所は，平成元年度医学系国立大学附置研究所初の全国共同利用研究所となり，平成７年度には熱帯医学に関する国際的に卓越せる研究拠点（Center of Excellence=COE）に指定された。
平成８年度には病原体解析部門に分子疫学分野（外国人客員）が新設され，１１月に日本学術会議と日本熱帯医学会主催の第１４回国際熱帯医学マラリア学会（会長：松本慶蔵名誉教授）が長崎で開催され，準備・運営に当研究所の研究者・職員が多大の貢献を行った。本学会の開会式に臨席された皇太子・皇太子妃両殿下は当研究所を行啓され，所長はじめ職員から親しく説明を受けられた。本学会の開催は当研究所の知名度の向上と，教職員の国際感覚の向上に大きく寄与した。本学会を契機に，当研究所と米国国立衛生研究所（National Institute of Health）国立アレルギー感染症研究所（National Institute of Allergy and Infectious Diseases）間の学術交流協定が調印された。平成８年度に文部省研究評価推進経費により実施された当研究所初の外部評価の提言に基づき，当研究所が到達すべき〔総合目標〕（Mission Statement）を平成１１年度に具体的に掲げるに至った。
平成９年度には，熱帯医学資料室の廃止転換により熱帯病資料情報センターが新設され，従来からの業務である熱帯医学に関する資料の収集・整理・展示に加えて，熱帯病に関する各種情報を収集・評価・整理し，専門家及び一般社会に発信することとなった。平成９年９月１６日付けで嶋田雅曉教授が本センター長に就任した。
昭和５３年度から当研究所で開講してきた熱帯医学研修課程は，東京大学医科学研究所の熱帯医学研修基礎課程が平成１１年度で閉講されたことに伴い，平成１２年度には定員が従来の１０名から１５名に増員された。
昭和５８年度以降当研究所に開設されてきた，日本国際協力事業団（JICA）の集団研修コース〔熱帯医学研究〕は，平成９年度から研修期間が１２ケ月に延長され，研修生に授与される修了証書の表記も従来のCertificateからDiplomaに修正された。平成１０年７月８日，当研究所は諸外国との友好親善に寄与したことにより，外務大臣表彰を受けた。
平成１２年度から，当研究所とベトナム国立衛生疫学研究所とを，それぞれの拠点大学とする日本学術振興会の拠点大学方式による学術交流事業が開始され，タイ国マヒドン大学と長崎大学との大学間交流協定の締結，JICAに応募した開発パートナー事業の採用，国際寄生虫対策事業への積極的関与など，海外研究協力事業が実施される見こみである。
平成１２年８月１４日
長崎大学熱帯医学研究所 所長 五 十 嵐 章