人道支援室は、主として熱帯地域、開発途上国、あるいは我が国を含むその他の国、地域において発生した大規模災害（自然災害、人為的災害等）に対して、緊急支援活動を行うとともに、支援活動に携わる人材の育成、研究、国内外ネットワークの拠点となることを目的とする。

• 人道支援調整室は熱研内に設置する。
• １名の兼任室長（教授）、その下に事務局を置く。
• 上記目的に関する、情報収集、発信、国内及び国際的ネットワークの構築、研究等を行うと同時に、機動的に人的貢献を行う。

長崎大学熱帯医学研究所は、２０１０年のハイチ大地震、及び同年のハイチのコレラ大流行、２０１１年の東日本大震災、２０１４年の西アフリカにおけるエボラ出血熱の流行、２０１５年のネパール大地震等に、所員を派遣しており、人道支援分野における国内リーディング機関の一つとなっている。
独立行政法人国際協力機構（JICA）は、２０１４年に西アフリカで発生したエボラ出血熱の発生等を受け、感染症対策チームの設立を２０１５年１０月に決定した。国際緊急援助隊感染症対策チームの国内支援には、東北大学、国立感染症研究所、国立国際医療研究センターと共に、長崎大学が積極的に参加することとなった。