熱帯医学に関する短期研修コースである、熱帯医学研修課程を運営している。本課程では、熱帯医学の研究または、熱帯地での保健医療活動に実際に従事している者、或いはしようとする者に対し、熱帯地における医学的諸問題についての現代科学に基づく基礎的知識の習得、またその応用に必要な技術の研修を行っている。1978年度（第１回）に定員10名として開設されたが、2000年度からは定員が5名増加し15名となった。また2016年度より医療従事者に加え、グローバルヘルス関連技術開発を行う研究者等にも門戸を開いた。今日まで621名の修了生（医師210名、獣医師、看護師、保健師、助産師、薬剤師など393名）を輩出してきた。全国からの応募者を対象に所内の教員、および多数の所外講師・所外運営委員の協力を得て運営されている。本研修課程は期間を4月から6月までの3か月（13週）とし、カリキュラムは、ウイルス学、細菌学、原虫学、寄生虫学、病害動物学、免疫遺伝学、疫学、人類生態学、社会医学、臨床医学の広きにわたり、１）講義、２）実習、３）野外実地研修によって構成される。また特別講義では、熱帯地の風土・文化・医療活動の実態等がとりあげられる。この研修の全課程を修了した研修生には、修了証書および英文のディプロマが授与される。