教育
大学院博士課程
長崎大学大学院組織は平成14年度より変更され，旧来の医学研究科，歯学研究科，薬学研究科が統合され生命医科学系の大学院医歯薬学総合研究科となった。研究科は４つの専攻を含み，熱帯医学研究所の全部門は新興感染症病態制御学専攻の中の熱帯医学講座に包含された。したがって本研究所での博士課程大学院教育を受けようとする者は，大学院医歯薬学総合研究科，新興感染症病態制御学専攻に応募し，熱帯医学講座担当分野のいずれかを選択することになる。
熱帯医学研修課程（３ヶ月コース）
本研修課程は，熱帯医学に関する短期研修コースである。熱帯医学の研究または，熱帯地での保健医療活動に実際に従事しようとするものに，熱帯に関する正しい認識と，熱帯地における医学的諸問題についての現代科学に基づく基礎的知識が広く得られるよう，またその応用に必要な技術の研修を行うコースである。
昭和53年度（第１回）に定員10名として開設されたが，平成12年度からは定員が５名増加し15名となった。平成24年度（第35回）まで434名の修了生（医師165名，看護師，保健師，助産師，薬剤師など269名）を輩出してきた。全国からの応募者を対象に所内の教官，および多数の所外講師・所外運営委員の協力を得て運営されている。
平成24年度（第35回）は期間を４月から６月までの３ケ月（13週）とし，カリキュラムはウイルス学，細菌学，原虫学，寄生虫学，病害動物学，病理学，免疫遺伝学，疫学，人類生態学，社会医学，臨床医学の広きにわたり，１）講義，２）実習，３）野外実地研修によって構成される。また特別講義では，熱帯地の風土・文化・医療活動の実態等がとりあげられる。この研修の全課程を修了した研修生には，修了証書および和文・英文２葉のディプロマが授与される。
熱帯医学専攻修士課程（ＭＴＭ）
平成18年４月より，医歯薬学総合研究科熱帯医学修士課程（定員12名）が設置された。この１年制の専攻科は，２年以上臨床経験があり英語によるコミュニケーション能力のある国内外の医師を対象とし，４月から７月は熱帯医学研究所が主体となり熱帯医学の基礎・臨床，熱帯公衆衛生学の講義・実習，およびタイでの短期海外実地研修を行い，９月から３月までの期間は，専門領域を選択し，指導教授の下で修士論文を作成する。修了者には熱帯医学修士（Master of Tropical Medicine）が与えられる。
なお平成24年度より，同専攻は10月開講となる。
医薬品研究開発ディプロマコース（国際連携、３週間）
医薬品開発に関する専門コースとして、シーズの発見から臨床開発、承認後の問題に至る７つのモジュールで、内外の専門家が講義します。講義や試験は全て英語です。期間中、製薬会社の工場見学が組み込まれることもあります。
長崎大学大学院 国際健康開発研究科（ＭＰＨ）
長崎大学は国際協力の現場で即戦力となるプロフェッショナルな人材の育成を目的に、平成20年4月に「国際健康開発研究科」を開校した。2年間の修士課程のプログラムは、国際保健・熱帯医学、社会科学、開発政策、マネージメント分野を網羅した学際的なアプローチを特徴としている。そのため、他の大学と異なり、医学系や看護系などの中ではなく、独立研究科として設置している。2年次には、国内外の国際協力機関との連携を通じて、途上国の現場で8ヶ月の長期インターンシップを実施する。
国際協力の舞台でのパスポートとなる「公衆衛生学修士（MPH）」が取得可能となる。
医学研究のための倫理に関する国際研修コース
このコースでは研究倫理についての基本的な考え方を学ぶと同時に、近年の研究倫理に関する国内外における議論を把握することができる。主たる内容は、研究倫理の基本原則、インフォームド・コンセント、リスク・ベネフィット評価、既存資料の利用、国際共同研究における倫理である。これに加えて、子どもを対象とする研究の倫理、コミュニティを対象とする研究の倫理、プラセボ対照試験の倫理、研究と治療の区別、倫理審査委員会の構成や機能等についても学ぶ。
熱帯病・新興感染症制御グローバルリーダー育成プログラム
熱帯地域を中心とした途上国には、マラリア、デング熱、コレラなどの熱帯特有の感染症が多く発生ており、各国でも新興感染症患者の蔓延が問題になっています。
長崎大学は、大学院医歯薬学総合研究科・新興感染症病態制御学系専攻に「熱帯病・新興感染症制御グローバルリーダー育成プログラム」を設置し、熱帯に蔓延する感染症と、新興感染症について幅広い知識と技術、グローバルな俯瞰力を備え、教育研究の推進と疾病制御においてリーダーシップを発揮できる国際的人材を育成します。
