本研究所は，平成元年５月２９日付で全国共同利用研究所に改組・拡充された。医学系の大学附置研究所では初めてである。

１）共同利用研究所の必要性
　熱帯医学の領域は広大であり，医学の領域をはじめとして，分子生物学，動物学，人類学，社会科学等，周辺科学をも含めた幅広い分野との学際的研究協力体制が不可欠である。国内および熱帯現地における熱帯医学研究をより広い視野から積極的に推進するため，研究所独自の研究に加えて，研究所外から研究者を招いて共同利用研究が行われている。

２）共同利用研究の活動方式
　(1) 　全国の国公私立大学，国立の研究機関の研究者等と当研究所の教官との共同研究
　(2)　全国の関連研究者と当研究所教官とで構成される研究集会

３）共同利用研究の意義
　全国の研究者と当研究所の研究者との共同利用および学際的研究の導入により，熱帯医学の一層の進展がなされる。また，熱帯医学研究者の養成，充実が促進され，熱帯医学の活性化が図られる。

４）共同利用研究の運営組織等
　共同利用研究を円滑に実施するために，まず所内各研究分野等の委員からなる「共同研究所内委員会」が共同研究課題等を立案し，教授会へ報告する。教授会がこの内容を所外の研究者を含めた「共同研究専門委員会」に検討を依頼し，その結果をさらに学外の学識経験者も含めた管理・運営組織である「運営委員会」に審議を依頼する。それに基づき教授会の承認を経て公募方式による共同研究が行われる。