熱帯医学の研究又は熱帯地での医療・衛生管理に実際に従事しようとする者に，熱帯に対する正しい認識と，熱帯地における医学的諸問題についての現代科学に基づく基礎的知識が広く得られるよう，またその応用に必要な技術の研修を行う課程である。
　昭和５３年度に定員１０名として開設されたが、平成１２年度からは定員が５名増加し１５名となった。全国からの応募者を対象に所内の教官，および多数の学外講師の協力を得て運営されている。期間は６月から８月までの３カ月（１３週）で，カリキュラムはウイルス学，病原細菌学，原虫学，寄生虫学，病害動物学，環境生理学，感染生化学，病理学，社会医学，内科学の広きに亙り，１）講義，２）実習，３）野外実地研修によって構成される。また総論講義では，熱帯地の気候・地理・風土・文化・医療活動の実態等がとりあげられる。この研修の全課程を修了した研修生には，和文・英文二葉の修了証書が授与される。第１回（昭和５３年）から第２３回（平成１２年）までの受講者は，合計２４６名である。