熱帯医学研究所の大学院研究科，博士課程は長崎大学大学院医学研究科に属する。したがって本研究所で大学院教育を受けようとする者は，まず医学研究科に入学の上，研究所教授の掲げる専攻分野を選択することになる。平成１２年度における大学院生は計３１名（内外国人留学生１２名）である。

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