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昭和２４年５月長崎大学附属図書館が設置され，風土病研究所分館が置かれた。その後，付属図書館新築・医学分館落成に伴う組織上の，また職員の所属の変更はあったが，現在は長崎大学付属図書館医学分館の分室として従来通り機能している。９，８４０冊の専門書，４６７種の刊行物があり，感染症特に熱帯医学の各分野に関する学術雑誌はほぼ揃っている。これらはすべて熱研分室で集中管理し，研究所員並びに学内外の研究者に利用されている。
| 室 長（併任)教 授 | 溝 田 勉 |
| 事務補佐員 | 馬 場 清 子 |
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